在招标投标活动中，招标文件的准确性和完整性对于确保整个招标过程的公正性和透明度至关重要。然而，在实际操作过程中，可能会出现招标文件存在瑕疵的情况。这种情况下，评标时是否可以对招标文件进行修改，成为了一个需要明确解答的问题。

根据《招标投标法》及其实施条例的规定，招标文件的澄清或修改应当在投标截止时间之前进行。这意味着，一旦投标文件的提交截止时间已过，招标人就不能再对招标文件进行任何形式的修改。这是因为，开标后，所有投标文件均已提交，投标人已经根据原招标文件的要求完成了投标文件的编制。如果在这个阶段对招标文件进行修改，将无法保证所有投标人都能够及时了解并响应这些变更，从而可能破坏招标投标过程的公开、公平和公正性。

在评标过程中，如果评标委员会发现招标文件存在瑕疵，应当立即将情况反馈给招标人。招标人需要根据法律规定和招标文件的具体内容，采取适当的措施来解决这一问题。通常情况下，招标人会在确定中标人之后，在合同谈判或合同执行过程中对招标文件的瑕疵进行修正。这样做可以确保所有中标候选人都在相同的条件下进行竞争，同时也保证了招标结果的有效性和合法性。

值得注意的是，招标文件的澄清或修改在投标截止时间之前也是有一定要求的。根据《招标投标法》第二十三条的规定，招标人应当至少在投标文件提交截止时间的15日前，以书面形式通知所有招标文件收受人。这一规定旨在确保投标人有足够的时间来根据澄清或修改后的内容调整自己的投标文件。

此外，《招标投标法实施条例》第二十一条进一步明确了澄清或修改的时间要求。如果澄清或修改的内容可能影响投标文件的编制，招标人应当在投标截止时间至少15日前通知潜在投标人。如果通知时间不足15日，招标人应当顺延提交投标文件的截止时间，以保证投标人的合法权益不受侵害。

综上所述，评标时发现招标文件存在瑕疵，并不能对招标文件进行修改。招标人应当在投标截止时间之前对招标文件进行必要的澄清或修改，并确保所有潜在投标人都能够及时收到通知并作出相应的调整。在评标过程中，评标委员会应当严格按照招标文件的要求进行评审，确保招标结果的公正性和合法性。同时，招标人也应当在合同谈判或合同执行过程中，对招标文件的瑕疵进行妥善处理，以维护招标投标活动的正当性和有效性。通过这些措施，可以有效地保障招标投标活动的顺利进行，促进市场的公平竞争，为招标人和投标人创造一个更加公平、透明的招标环境。